民前14年10月1日 奉准設立，稱為雲林日語傳習所北港分教場。
民前14年12月22日 創辦設校（在舊鹽館，現長裕行）編制2班。
民國15年8月21日 校地狹隘遷徙至現址。
民國16年4月1日 男女生分離獨立北港女子公學校，編制13班。
民國28年4月1日 學區變更，再辦男女生共學，編制24班。
民國30年4月1日 校名改稱為北港南陽國民學校，編制30班。
民國34年12月28日 日人校長卸任，龔百川接任為第一任校長，編制29班。
民國35年1月25日 校名改稱為台南縣北港鎮第一國民學校。
民國36年2月24日 校名改稱為北港鎮南陽國民學校，編制30班。
民國39年9月1日 趙清木接任為第二任校長，編制38班。
民國40年9月2日 楊 溪接任為第三任校長，編制38班。
民國44年5月10日 蔡子寬接任為第四任校長，編制46班。
民國44年9月12日 陳水桐接任為第五任校長，編制57班。
民國49年9月5日 趙清木接任為第六任校長，編制63班。
民國51年8月28日 蔡玉書接任為第七任校長，編制65班。
民國57年8月1日 實施九年國民教育，校名改稱為北港鎮南陽國民小學。
民國61年9月5日 陳石柱接任為第八任校長，編制58班。
民國71年9月1日 蘇礪山接任為第九任校長，編制39班。
民國85年2月1日 李啟芳接任為第十任校長，編制24班。
民國96年8月1日 黃金地為第十一任校長，編制37班。
民國104年8月1日 洪錫欽校長第十二任校長，編制普通班30班、特教班1班、幼兒園3班。
民國107年8月1日 蔡維哲校長為本校現任校長，編制普通班30班、特教班1班、幼兒園3班。